De Vismigratierivier is financieel mogelijk gemaakt door provincie Noord-Holland, provincie Fryslân, Rijksoverheid, Waddenfonds, LIFE, Natura 2000, Nationale Postcode Loterij en CEF. De totale kosten bedragen 55 miljoen euro.
Het was de Nationale Postcode Loterij die in 2013 in het wilde plan geloofde en de eerste grote donatie deed voor uitwerking van de plannen voor een Vismigratierivier en daarmee het hele plan wist aan te jagen. Vier jaar later leveren ze het sluitstuk van het ontwerp door de laatste kilometer van de Vismigratierivier te financieren. Hiermee kan deze wereldwijd unieke migratievoorziening voor trekvissen door de Afsluitdijk in de meest optimale vorm worden aangelegd. De bijdragen van de Nationale Postcode Loterij zijn doorslaggevend gebleken in de realisatie van de Vismigratierivier.